Müvəkkilin mərkəzi Aparatından əlavə, 2003-cü ilin iyun ayında Birləşmiş Millətlər Təşkilatının İnkişaf Proqramının dəstəyi ilə Azərbaycan Respublikasının 3 regionunda: Qubada (6 rayonu əhatə edən), Şəkidə (6 rayonu əhatə edən) və Cəlilabadda (9 rayonu əhatə edən) İnsan Hüquqları üzrə Müvəkkilin regional mərkəzləri açılmışdır.

Mərkəzlər texniki avadanlıq və mebellə təchiz edilmiş, kompyuterləşdirilmiş və Müvəkkil Aparatı ilə internet vasitəsilə əlaqələri yaradılmışdır. Mərkəzlər Müvəkkilin Aparatının strukturunda nəzərdə tutulmayıb və buna görə də onların təşkili və fəaliyyəti ilə bağlı məsələlər Birləşmiş Millətlər Təşkilatının İnkişaf Proqramının müvafiq layihəsi çərçivəsində həll edilir.

Bu mərkəzlər əhalinin Müvəkkilə müraciət etməsini asanlaşdırmış, ərizəçiləri şikayətlərin göndərilməsi üçün böyük məsafələri qət etmək, nəqliyyat və poçt xidmətlərini ödəmək zərurətindən qurtarmışdır. Digər tərəfdən, mərkəzlərin təsis edilməsi həmçinin şikayətlərin baxılması müddətlərini xeyli qısaltmaq, daha qısa müddətdə müvafiq orqanlardan zəruri sənədləri, Müvəkkilin sorğularına cavabları almaq, yerlərdə araşdırmaları daha tez müddət ərzində aparmaq, habelə əhalinin hüquqi maarifləndirilməsinin səmərəliliyini mühüm dərəcədə artırmaq üçün böyük imkanlar yaradır. Müvəkkilin yanında yaradılmış Regional Mərkəzlərə əməkdaşlar seçilərək təyin edilmiş, həmin əməkdaşlar üçün treninqlər keçirilmişdir.

Regional mərkəzlərin hər birində 2 nəfər işləyir. Maliyyə vəsaitinin olduğu halda, gələcəkdə bu cür mərkəzlərin sayının artırılması nəzərdə tutulur.